《御天之剑》在全系列的时间轴上是第一部作品，是所有塞尔达传说故事的原点。

在《御天之剑》的时代，人类还生活在天空之上，在飞岛上过着安逸的生活。人类懂得如何驾驭飞鸟，能在浩瀚的空中飞行，却对云下的广袤大陆则没有任何的概念。在这遥远的时代，海拉鲁王国尚未建立，塞尔达也并非一国公主，而是岛上邻家小妹般的清纯少女；我们的主人公「林克」也并非一介村夫，而是学校里塞尔达的同学和青梅竹马。在学校办学 25 周年庆典之际，命运向林克和塞尔达招手。黑暗的旋风把塞尔达卷入了云下的世界，与林克“天人两隔”。古老的预言，神秘的剑灵，还有女神遗留的宝剑，一个个秘密不断呈现于林克面前。为了找回塞尔达，也为了完成女神交托的宿命，林克踏上了一场全新的冒险。