《洛克人 X2:灵魂毁灭者》是在 GBC 平台上推出的《洛克人 X》系列的外传性质作品第二弹,本作仅对应 GBC 彩色显示而不对应黑白 GB,本次游戏系统上主要以超任版《X2》为基准,且在这次作品中根据任务的不同,首次采用了「双英雄切换」的玩法,玩家可以在游戏后半部分能够自由切换 X 和 Zero 两名角色,该系统在后来推出的《X7》和《X8》中均有采用,游戏中登场的 BOSS 则集合了《X》、《X2》和《X3》三作品中登场的 BOSS。
此外游戏中新增了通过收集「灵魂零件」来开发各种强力的零件要素,以及分别对应 X 和 Zero 双方的 4 部位强化零件。